‏Rosalind Workbench؛ میزکار علمی OpenAI

به گفته‌ی OpenAI کار پژوهشی توی علوم زیستی معمولاً بین چند تا ابزار پخش می‌شه: داده یه جاست، تحلیل جای دیگه و سابقه‌ی اینکه یه نتیجه چطور به دست اومده هم جای سوم. Rosalind Workbench برای بستن همین شکاف‌ها ساخته شده و این تیکه‌ها رو توی یه محیط واحد کنار هم می‌ذاره. الان هم به شکل research preview (یعنی نسخه‌ی آزمایشی که فقط برای امتحان کردن باز شده) توی اپ ChatGPT در دسترسه.

زیرساختش مدل GPT-Rosalind‌ه، مدل اختصاصی OpenAI برای علوم زیستی که استدلال مدل‌های نسل جدید رو با ارکستراسیون ابزارهای تخصصی ترکیب می‌کنه، یعنی خود مدل تصمیم می‌گیره کدوم ابزار علمی رو کِی صدا بزنه. دامنه‌ش شیمی دارویی، ژنومیکس و کمک به کارهای wet-lab (همون کار عملی روی میز آزمایشگاه) رو می‌گیره. تو این مقاله اومده که قدم بعدی، تیم‌هایی از ایجنت‌هاست که توی این حوزه‌ها با هم کار کنن.

شروع کار با یه سؤال زیستیه. صفحه‌ی اول تسک‌های آماده رو نشون می‌ده: طراحی پروتئین، طراحی مولکول‌های کوچیک، ایمنی و developability، ساختار و توالی، ژنومیکس و پاتولوژی، و اعتبارسنجی آزمایشگاهی. مثالی که خود OpenAI می‌زنه اینه: کسی که داره nanobody برای PD-L1 طراحی می‌کنه، می‌تونه کاندیداهای برتر رو رتبه‌بندی کنه و بعد برای پنج تاشون سنجش اتصال رو برنامه‌ریزی و قیمت‌گذاری کنه.

یه نمونه‌ی دیگه داکینگ imatinib به ABL1‌ه که پنج حالت برترش رو می‌شه توی ابزارهای ساختار مولکولی ورانداز کرد. برای ژنومیکس هم تسک RNA-seq مربوط به راه هوایی تیمارشده با dexamethasone آدم رو مستقیم می‌بره توی NGS Analysis Workbench. نمایشگرهای تخصصی هم اجازه می‌دن داده‌ی علمی رو توی همون گفت‌وگویی که تحلیل توش انجام شده ببینی و سؤال بعدی رو همون‌جا بپرسی. یعنی دیگه لازم نیست هر بار خروجی رو ببری توی یه ابزار جدا.

ایجنتش دو حالت داره: Explore برای سؤال‌های علمی عمومی با همون مدل‌های ChatGPT که در اختیار داری، و Research برای تحلیل‌های سنگین‌تر و ورک‌فلوهای پیشرفته. دسترسی به حالت Research رو فعلاً فقط اعضای تأییدشده‌ی یه سازمان می‌تونن از طرف سازمانشون درخواست بدن و دسترسی فردی هنوز نیومده. برای شرکت‌ها و تیم‌های دولتی و سلامت عمومی هم مسیرهای درخواست جدا با کنترل‌های حریم خصوصی و بررسی حاکمیتی گذاشتن.

نکات کلیدی:

• Rosalind Workbench فعلاً به شکل research preview و از داخل اپ ChatGPT باز شده.
• پایه‌ش مدل اختصاصی GPT-Rosalind برای علوم زیستیه، نه مدل عمومی ChatGPT.
• تسک‌های آماده شامل طراحی پروتئین، مولکول کوچیک، ایمنی و developability، ساختار و توالی، ژنومیکس و پاتولوژی و اعتبارسنجی آزمایشگاهیه.
• دو حالت Explore و Research؛ حالت Research فعلاً فقط با درخواست سازمانی باز می‌شه و دسترسی فردی بعداً میاد.
• نمونه‌ی ژنومیکسش تحلیل RNA-seq راه هوایی تیمارشده با dexamethasone داخل NGS Analysis Workbench‌ه.