‏کلاد یه سیستم آنزیمی ناشناخته پیدا کرد

آنتروپیک تو یه پست از گروه تحقیقات علوم زیستی و آزمایشگاه تازه‌ش رونمایی کرده و اولین نتیجه‌ش رو هم منتشر کرده: کلاد خودش تو دیتابیس‌های DNA یه سیستم آنزیمی پیدا کرده که تا حالا توصیف نشده بود. به گفتهٔ تیم، دخالت آدم‌ها فقط به پرامپت اولیه و کار آزمایشگاهی محدود بوده و بقیهٔ مسیر رو ایجنت‌های کلاد رفتن.

این سیستم رو ART گذاشتن، یعنی array-associated reverse transcriptase، و سه تیکه داره: یه reverse transcriptase یا RT (آنزیمی که RNA رو به DNA کپی می‌کنه)، یه ژن همسایه، و یه آرایهٔ بلند از توالی‌های تکراری DNA با فاصلهٔ منظم. همین آرایه‌ست که آدم رو یاد CRISPR می‌ندازه. خود اون RT قبلاً تو یه jumbo phage (ویروس بزرگی که باکتری رو آلوده می‌کنه) دیده شده بود، ولی به نظر می‌رسه کلاد اولین کسیه که آرایه و اون پروتئین کمکی رو کنارش دیده.

روند کار هم خوندنیه. ایجنت‌ها بیشتر از ۲۰۰ هزار RT جمع کردن، ۳۵۰۰ سیستم کاندید درآوردن و آخرش ۲۰ تای برتر رو تحلیل کردن و برای هرکدوم یه گزارش قابل‌خوندن برای آدم نوشتن. تو پست اومده که این حجم تحلیل برای یه دانشمند خبره چند هفته تا چند ماه کار می‌بره. کل جست‌وجو ۲۱ ساعت طول کشیده، با حدود ۹۵۰ ایجنت و ۲۱۰ میلیون توکن.

هنوز معلوم نیست ART دقیقاً چی کار می‌کنه. آزمایش‌های اول تیم نشون داده اون آرایه به شکل چندتا RNA کوتاه بیان می‌شه، که شبیه همون چیزیه که CRISPR رو قابل برنامه‌ریزی می‌کنه. فنگ ژانگ، یکی از پیشگام‌های ویرایش ژن با CRISPR، بعد از خوندن پیش‌چاپ گفته این یافته واقعاً جالبه و ارزش بررسی بیشتر داره. آنتروپیک هم می‌گه کل کار آزمایشگاهی رو آدم‌ها انجام می‌دن و سطح ایمنی زیستی کارشون BSL-1 و BSL-2 هست.

نکات کلیدی:

• سیستم کشف‌شده ART نام داره: یک RT، یک ژن همسایه و یک آرایهٔ تکراری DNA، بیشتر تو باکتریوفاژها
• جست‌وجو ۲۱ ساعت، حدود ۹۵۰ ایجنت و ۲۱۰ میلیون توکن مصرف کرده
• بیش از ۲۰۰ هزار RT جمع شده، ۳۵۰۰ کاندید درآمده و ۲۰ تا برای گزارش نهایی مونده
• کارکرد ART هنوز ناشناخته‌ست؛ آزمایش اول نشون داده آرایه به RNAهای کوتاه بیان می‌شه
• پیش‌چاپ منتشر شده و کل کار آزمایشگاهی رو آدم‌ها و تو سطح ایمنی BSL-1 و BSL-2 انجام می‌دن